Czy do podstawy opodatkowania WNT wlicza się usługę transportu wykonaną przez polską firmę

Dokonujemy wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów i otrzymujemy faktury od dostawcy będącego płatnikiem podatku VAT UE. Usługę transportu tego towaru kupujemy od podmiotu polskiego, który wystawia nam faktury VAT, wykazując kwoty należne za odcinki poza granicami kraju jako niepodlegające VAT. Czy koszty tego transportu powinny wchodzić do podstawy opodatkowania (chodzi o faktury wewnętrzne)? Faktury za transport otrzymujemy z dużym opóźnieniem, często w następnym okresie rozliczeniowym. Jeśli transport miałby wchodzić do podstawy opodatkowania, to jak pogodzić to z terminem powstania obowiązku podatkowego VAT - dzień wystawienia faktury za towar.